Die Werkstätten für Forschung und Lehre sind zentral organisiert, liegen jedoch in der Nähe der wissenschaftlichen Bereiche. Ihre Aufgabenstellung beinhaltet die Konstruktion, Entwicklung, Fertigung, Montage, Betreuung und Reparatur von Geräten und Versuchseinrichtungen für Lehre und Forschung sowie die Beratung bei der Geräte- und Materialauswahl, Lagerhaltung usw. Die Werkstätten betreuen alle experimentell arbeitenden universitären Einrichtungen und die Sonderforschungsbereiche, sowie das Bayerische Geoinstitut, das Institut für Materialforschung (IMA) und das Bayreuther Zentrum für Ökologie und Umweltforschung (BAYCEER). Sie gliedern sich in die Bereiche Elektronik (Gebäude BGI), Mechanik (in den Gebäuden FAN, GEO, NW I, NW II), Glasapparatebau (Gebäude NW I), Optik (Gebäude NW II) und Schreinerei (Gebäude TZ).